从阳明学发展状态来看：王阳明的第一代弟子与再传弟子以顺境为主；三传弟子后，以困境为主，这既有张居正禁学等外部原因，亦有内在原因：“一似今世讲良知学，陈陈相因，即阳明子复起，未有不唾而走。”（《药地炮庄·总论上》）从学理而言，阳明学创造性乏力；从践行而言，脱实向虚，假道学盛行，这是顾、王、黄批评的焦点。从阳明学发展的主题来看，以王阳明教三变为基础，前三个阶段是：第一，默坐澄心、静坐，江右王门主旨；第二，致良知，泰州学派主旨；第三：无善无恶、无是无非，浙中王门主旨。在纠正泰州学派、浙中王门流弊时，产生了止修学及关联学派，这可作为阳明学发展的第四阶段。李材的止修学内生于江右王门，其同心友有万廷言、许孚远等，借助弟子李复阳知县无锡，并由此开启以顾宪成、高攀龙相继主盟的东林学派。冯从吾与顾宪成、高攀龙相和，亦以至善为宗旨，这一阶段的主题是至善无恶、艮背止修。方学渐的至善与实学宗旨属于阳明学发展的第四阶段。第五阶段以邹元标与方以智为代表。邹元标以“学”为宗，以“愿学”统摄四大门派良知学宗旨。方以智以“藏悟于学”为要：学即是悟，是上达，是超越；学又是孝，是修，是下学，是着实。由此实现悟修合一，下学上达合一，学、悟、觉、孝、效合一。五个阶段的困境及出路如下：第一阶段的流弊在于沉顽空、守死寂，出路在于以泰州学派拆穿光景，即有而无，放开，流行，乃至超越至第三阶段的无。第二阶段的流弊在于杂染情识、任情。初学者的出路在于补充第一阶段教法，锤炼赤子人心为真心，以臻纯良；中学者的出路在于超越至无，时时缉熙；老学者应即悟即修，悟修合一。第三阶段的流弊在于玄虚高妙，出路在于补充第一阶段教法，如王阳明为王畿治静室。以止修学派平衡，悟修合一，即悟即修，即修即悟。第四阶段的流弊在于泥迹，应以第二段教法流行之，推致良知；以第三阶段超越之，下学而上达。第五阶段的流弊是圆教，总体出路指引，亦是重回王阳明的天泉证道：“相取为用，则中人上下皆可引入于道。”（《传习录下》）
相应于阳明学发展的五个阶段，产生了四种四句教法。前三个阶段，王阳明的四句教是：“无善无恶心之体，有善有恶意之动，知善知恶是良知，为善去恶是格物。”由此向“无”发展，产生第三个阶段王畿的“四无”：“无心之心则藏密，无意之意则应圆，无知之知则体寂，无物之物则用神。”以万廷言为例，第四个阶段的学旨为：“至善无恶心之体，发窍是知意为足，意体物用步步路，心意知物止至善。”以方以智为例，第五个阶段的学旨是：“湛然则无静矣，善用则无动矣，因物则无心矣，知法则无物矣。”从“有”“无”考量四种四句教：王阳明倡导“有”“无”平衡；王畿单提“无”，本意是超越“有”，却暗含了否定“有”的风险；万廷言、李材、顾宪成、方学渐等以至善之实有抵制“四无”，是“无”之否定；方以智以实有涵盖“无”，是王畿之学否定的再否定，重返实有。从方氏家学内部来看，方学渐崇尚至善，抵制“四无”，“有”“无”势不两立；至方大镇，经与吴应宾长期深入探析，“有”“无”的紧张关系渐趋缓和；方以智兼取吴应宾之“无”与方大镇之“有”，藏“无”于“有”，将阳明学的“有”“无”之辩带入一个新高度。
王畿为阳明学之利根，从道体而言，王畿之“无”如太阿之剑，有利于斩断“有”之泥迹，彰显“无”之超越，其流弊在于导致“倒持太阿”，伤害良知，成为阳明学发展的“酖毒”。方以智批评王畿之学的道体是独心独性，而非公心公性，流弊为荡漾在一己之私心横行。从功夫论而言，王畿重视“悟”，有解悟、证悟、彻悟，针对王畿之学由悟导致的脱实向虚，邹元标以“修”平衡悟，悟修合一，方以智以“学”铎人，以“学”“修”实之。综合方学渐、方大镇、吴应宾的阳明学思想，方以智以“至善统有无”，纠正王畿之学单提“无”的偏失。道体分显冒、密冒与统冒，合称三冒。显冒对应有，密冒对应无，显密关系如同有无，两者分出层次：由显以入密，此是超越与上达；由密以返显，此是归实与下贯。王畿之学超越上达，李材、顾宪成、方学渐之学着实下贯；上达与下贯的双向互动，从而促进“下学”与“上达”的黏合，显密无间。
阳明学“有”“无”之间的断裂可通过“统冒”来贯通，由此三冒，“实三而恒一，实一而恒三”（《易余·三冒五衍》）。在静态关系基础上，三冒还可以如拨浪鼓一样旋转，显密二冒如同拨浪鼓的两个弹丸，统冒如中间旋转的鼓柄。又如书生鹅笼之喻，显密可以吞吐：显冒吞密冒，藏无于有；密冒吞显冒，隐有于无。在吞进后，显密一体；又可以随时吐出，显密各有其用。从功夫论而言，三冒以成吾，吾是真己、良知，从悟、觉（密冒），孝、效（显冒），学、教（统冒）三方面展开真己。即道体即是功夫，道体论与功夫论一致：“标性善者，生机也；标四无者，死语也。下学藏上，则死语即是生机。”（《周易时论合编·系辞上传》）若偏执王畿的“四无”之超越，则破坏道体论的“有”“无”平衡，导致功夫论的“下学”与“上达”割裂：“执上达，坏下学。”王畿标宗“四无”，其流弊为顽荒、率兽、一是皆良，是死语，是绝境；方以智通过“有”“无”的再次平衡，“藏悟于学”，重新激活“四无”，是生机，是出路。“藏悟于学”即是“下学藏上”，是“上学”与“下达”的再次平衡，映射至道体论，即是“藏无于有”。“阳明门下一枭龙，药地收摄入医笼。”王畿如枭龙，既是阳明学理论超越发展的开拓者，亦是阳明学因“无”而堕落的始作俑者。方以智能够贞定住王畿之“无”，他以“药地”为号，天地互余，药地即是药天，药天地之病，当然也包括陷入困境的阳明学。方以智对阳明学之病批判愈深，反向表明其爱之愈切，愈有利于阳明学的刮骨疗毒，“冬雷急雨洗晴梅”，在这个意义上，方以智可称之为阳明学“真孤”。
从宋明理学的心学流派而言，较之于象山学、慈湖学、白沙学，阳明学在将心之良知作为道德本体时，更强调良知的推致：良知必然要转化为行，从而关联知行合一；反之，知不向行转化，则收缩成一己之自适，乃至导致虚寂之弊。知行合一带来阳明学经世致用的实学特征，有着强烈的现实关怀及责任担当：以行检验知、增强知，从而体现知的鲜活性与实效性。方以智的实学注重内在心体涵养及道德境界提升，卷裹了“上达”“悟”，这是超越顾、王、黄之处：方以智吸收了阳明学左派超越的精神，再返回实学，即虚即实；而顾、王、黄抵制、回避阳明学的超越维度，避虚就实，执实废虚。方以智的实学显然更符合阳明学的精神特质。从阳明学发展的困境而言，江右王门沉空守寂、泰州学派荡肆任情、浙中王门空亡顽荒，均表现为没有实事，良知着空，这是阳明学因末流牵连而饱受诟病的重要原因。如方以智之子方中履所言：“五世相传，惟重立志不惑，岂敢漫言从心而执无实法之黄叶，以扫理而荒学哉！”（《周易时论合编·跋》）方氏家学可视为阳明学实学精神传承发展的缩影。王阳明“传习”，方学渐“藏虚于实，潜无于有”（《庸言·虚无论》），方以智“藏悟于学”。从阳明学的病与药来看，阳明学道体论之病在虚无，当以实学救之；功夫论之病在超悟、上达，当以实修、下学医疗：“学”是最猛烈且最有效的良药。
当阳明学遭遇寒冬时，“真孤”不仅传承阳明学法脉，而且推进阳明学理论的发展，践行阳明学的真精神，甚至培养更多的阳明后学传人。方以智以真孤担当，晚年在青原山疗教救学，烹炮诸子，建药树堂，为阳明学的“核仁”提供庇护。外部环境惨烈，核仁却能在核室闭藏潜伏，完成后熟，内在转化。冬天愈冷，愈是核仁储蓄生机之时，愈有利于消除浮躁，收敛凝聚。当春天来临，核仁必然能迅速生根发芽，迸发出勃勃生机，长成的仁树亦将更富有生意，乃至遍地成林，这正是方以智对阳明学以及中国传统文化复兴的期待。
